Il CEMI è presieduto dal Rettore o suo Delegato.
Ai sensi dell'art.5 dello Statuto che lo regola, il Centro opera attraverso il Consiglio di Presidenza che è presieduto dal Rettore e composto da due docenti nominati dal Rettore e due docenti nominati dal Senato Accademico "tra i Professori di Ateneo con comprovata esperienza tecnico scientifica e gestionale sulle materie ed attività di interesse del Centro. La durata in carica di questi ultimi è fissata in anni tre". Con decorrenza aprile 2024, la Rettrice ha designato quale Presidente del CEMI il Prof. Giovanni Moschella. Ai sensi del decreto rettorale 50496 del 22/04/2024 il Consiglio di Presidenza è composto dai professori Antonio Cappuccio, Fabio Mostaccio, Fabio Ruggiano e Francesca Perrini.