Il CEMI è presieduto dal Rettore o suo Delegato.
Ai sensi dell'art.5 dello Statuto che lo regola, il Centro opera attraverso il Consiglio di Presidenza che è presieduto dal Rettore e composto da due docenti nominati dal Rettore e due docenti nominati dal Senato Accademico "tra i Professori di Ateneo con comprovata esperienza tecnico scientifica e gestionale sulle materie ed attività di interesse del Centro. La durata in carica di questi ultimi è fissata in anni tre". Dal 28 gennaio 2023 è decorso il termine delle nomine del Consiglio di Presidenza che ha guidato il Centro nel triennio di operatività e si attendono le nuove nomine.